Aunque volvió a ser subcampeón regional las temporadas 1928/29, 1930/31 y 1933/34, en Liga su desempeño fue más deficiente, convirtiéndose en el primer equipo de la historia en descender a Segunda División (en la primera edición de la Primera División no hubo descensos) al perder en la última jornada frente al Arenas, lo que unido a una remontada del Europa en los minutos finales de su partido frente al Real Unión supuso que finalizara en última posición la temporada 1929/30. Los aficionados del Real Madrid se mofaron cruelmente de este descenso pagando de su bolsillo una esquela, publicada en varios medios nacionales, certificando la «defunción» de su máximo rival. Al poco de obtener su personalidad jurídica propia, en la temporada 1908-09, el Athletic madrileño finalizó por primera vez subcampeón de un título oficial, el Campeonato Regional de Madrid, disputado en formato de liguilla que ganó el Español Foot-Ball Club. Como curiosidad, aquella temporada se unió brevemente como jugador del Athletic de Madrid Santiago Bernabéu: si bien no llegó a disputar ningún partido oficial ya que no se lo permitía la normativa de la época, sí llegó a jugar de rojiblanco un encuentro amistoso frente al Español Foot-Ball Club.
En 1912 asumió la presidencia el exjugador Julián Ruete (quien eventualmente también ejercería como entrenador), dándose los últimos pasos para la desvinculación con el Athletic vasco aprovechando que el fútbol español se estructuró federativamente en primer lugar con la creación de la Federación Española de Fútbol el 29 de septiembre de 1913 y en segundo, con la creación de la Federación Regional Centro el 20 de octubre de 1913. Julián Ruete y Manuel Gómez, secretario del club, tomaron la decisión de modificar los estatutos de la sociedad, camisetas futbol baratas ya que era un requisito indispensable e inscribieron al club como sociedad independiente en el organismo federativo de la región centro. No es una labor sencilla, porque nuestro fútbol ha dado muchos nombres de jugadores extraordinarios, pero hemos intentado recopilar jugadores de todas las década que de alguna manera nos han marcado a todos los aficionados al fútbol. Es de destacar que en aquel momento el fútbol español, formalmente amateur, se estaba profesionalizando.
Dicho esto, su condición de sucursal era peculiar, pues los madrileños contaban con una junta directiva propia y diferenciada de la de los bilbaínos desde el momento de su constitución (lo cual asemejaría al equipo madrileño, jurídicamente, más bien a una filial societaria y/o deportiva). El debut fue en una ronda previa en agosto, por lo que se suspendió ese año el Trofeo Naranja, con el modesto Union Luxembourg como rival. Tras superar al Club Sportif Casablancais por un contundente 166-84 global en primera ronda de la edición de 1961-62, el Real Madrid se enfrentó al Pallacanestro Varese donde se produjo un curioso hecho a escasos segundos de la finalización del encuentro: una autocanasta. Con el tiempo, ha ido evolucionando desde su versión inicial, y actualmente es habitual ver el círculo más pequeño y una corona más grande que las que presentaba originalmente el diseño de José María de la Concha. El Athletic Club ya competía por defecto en las primeras ediciones de la máxima competición nacional, el Campeonato de España (hoy conocido como Copa del Rey), siendo inviable que lo hiciera por partida doble (con su equipo madrileño y con su equipo bilbaíno, pues la entidad era sólo una).
Sin embargo, siguió existiendo vinculación deportiva con el «padre» bilbaíno, el cual continuó convocando a los jugadores del Athletic Club de Madrid para que disputaran bajo la enseña vizcaína el Campeonato de España (destacando el madrileño Manuel Garnica Serrano, goleador en la final del Campeonato de España de 1911 que se adjudicaría el Athletic Club); convocatorias que decaerían cuando en 1912 se originó la primera versión de la llamada «filosofía del Athletic Club», conforme a la cual sólo podían jugar allí jugadores vizcaínos. Entonces, el directivo del Athletic madrileño, Manuel Rodríguez Arzuaga, le dijo lo siguiente: “Cuando vuelvas a Madrid después de Reyes te las traes, que yo las pago todas”. Conforme al sistema vigente entonces, los campeones regionales eran clasificatorios para el Campeonato de España. En la temporada 1923-24, el equipo no hizo un buen papel en el campeonato regional y acabó tercero. En la temporada 1921-22, la directiva encargó al exjugador bilbaíno y entonces vicepresidente de la entidad madrileña Manuel Ansoleaga que ejerciera de entrenador del equipo, convirtiéndose así en el primer técnico de la historia del club.
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