Además de sus filiales, el Club Atlético de Madrid cuenta con más de setenta equipos de fútbol base, masculinos y femeninos, que completan sus categorías inferiores: cuatro equipos de categoría juvenil (dos en División de Honor y otros dos en Liga Nacional), once equipos cadetes (dos de ellos en Primera División Autonómica), catorce equipos de categoría infantil, catorce alevines, veinte benjamines y diez prebenjamines. También se editó el libro oficial de las bodas de platino, se elaboraron diversos productos con su imagen y se dedicó el sorteo de la Lotería Nacional a la efeméride bética. En aquella época nace la sección de balonmano, la más laureada de las secciones deportivas del club. En el año 2001 se fundó el Club Atlético de Madrid Femenino, sección de fútbol femenino del Atlético de Madrid (heredero del Club Atlético Villa de Madrid, campeón de la Primera División femenina en 1990), cuyo primer equipo milita en la Primera División de España. Rayo Majadahonda (de Majadahonda), el Atlético Concilio (de Alcobendas), el Talavera CF (de Talavera de la Reina), el CP Flecha Negra (de Badajoz), la UD Algete (de Algete), el Unión Adarve (de Madrid), el Don Bosco CF (de Córdoba), el DAV Santa Ana (de Madrid), el Torre Levante CF (de Valencia), el Puerta Bonita (de Madrid), la UD Santa Marta (de la provincia de Salamanca), la AD Villa Rosa (de Madrid), etc.
Desde la temporada 2011-2012, el Valencia CF ya desarrollaba un programa de fútbol para personas con discapacidad intelectual, en el que los jugadores DI del Centro Francisco Esteve EDM Paterna entrenaban en la Ciudad Deportiva Valencia CF, gracias a un convenio entre Fundació Valencia CF, Valencia CF y Ayuntamiento de Paterna. De su filial, el Atlético de Madrid ‘B’, y de sus juveniles han salido numerosos futbolistas que han triunfado tanto vistiendo la elástica rojiblanca, como en equipos de primer nivel del panorama nacional e internacional. Entre 1950 y 1994, el equipo de balonmano se alzó a nivel nacional con once Ligas, diez Copas y dos Supercopas. En 2016, su equipo Alevín A, formado íntegramente por chicas, se proclamó campeón de la categoría frente a equipos formados íntegramente por chicos. 26 de agosto. Disputa de la segunda jornada de Liga frente al Granada Club de Fútbol y primera visita a Andalucía, territorio donde el pasado año el equipo perdió los cuatro encuentros que disputó -sumando cinco derrotas en total en toda la temporada-. En cuanto a número de socios el Betis es el cuarto equipo más grande de España con un total de 55.809 socios, de los cuales 50.373 tienen localidad en el estadio, que es el número límite que el Betis marca como máximo (conocido como “numerus clausus”, al que ha llegado por segundo año consecutivo) dejando el resto de localidades libres para venta de entradas y compromisos.
Desde su llegada, el actual técnico ha conquistado un total de ocho títulos, siendo el entrenador con más títulos de la historia del Club. Desde entonces, el club abandonó el deporte de la canasta, aunque sus buenas relaciones con Estudiantes (cuyos aficionados suelen serlo del Atlético) han hecho que ambos clubes se hermanen y hayan llegado a ofrecer a la afición del otro títulos conquistados. Una norma federativa obligaba a todos los clubes profesionales a tener un mínimo de cuatro equipos en sus categorías inferiores, por lo que, a fin de poder cumplir esta norma, Gil mantuvo el control del Atlético de Madrid B y cedió el nombre, escudo, camisetas y campo de entrenamiento a dos equipos juveniles y uno cadete, aunque en realidad estos tres equipos estaban desvinculados del Atlético de Madrid, pues no recibían ningún tipo de ayuda económica del mismo. Campo 1: Fútbol 11 (105 x 65 metros).
El filial del primer equipo de fútbol es el Club Atlético de Madrid B, fundado en 1963 como Reyfra Atlético Club y que actualmente juega en Segunda División B de España. Históricamente, la cantera del Atlético de Madrid está considerada como una de las más importantes del fútbol español. En 1935 se convirtió en el cuarto club de la historia en conquistar la Liga de Primera División de España, una década en la que se popularizó su conocido lema «Viva er betis manquepierda». ↑ «El Betis acaba la 2012/13 por delante del Sevilla». También suscribió en 2017 un acuerdo de colaboración con el club Inter Fútbol Sala para la formación de los jugadores de La Academia del Atlético de Madrid, con el objetivo de perfeccionar los recursos específicos del Fútbol Sala y aprovecharlos posteriormente en su desempeño sobre el césped. El club invierte anualmente una importante suma de dinero en potenciarla y mejorarla.