En la temporada 2015/16, el equipo vuelve a competir en Primera División Regional Aficionados. Firma un convenio de colaboración con otro club de la ciudad, el CD Universidad de Burgos, club que esta misma temporada compite en la misma categoría que estaba el filial, camisetas de futbol baratas la Primera División Regional Aficionados. El entrenador donostiarra comenzó durante esa temporada a utilizar una táctica futbolística, la «WM», inventada por el entrenador inglés Herbert Chapman durante los años 1920 en el Arsenal FC, pero que nadie había utilizado hasta entonces en el fútbol español.
