Esta posición le habría valido para permanecer en la categoría, pero el descenso del primer equipo desde la Segunda División B, hizo que el filial descendiese directamente a la Primera División Regional Aficionados de Castilla y León. En la temporada 2011/12, tras la renovación por un año más del acuerdo de filialidad firmado entre ambos clubes en el verano de 2010, el equipo filial bajo la denominación de Burgos B Bupolsa, quedó en el puesto 16º del grupo VIII de la Tercera División.
