La RFEF está integrada por 19 Federaciones regionales o territoriales, que se encargan de la organización de todo el fútbol no profesional (a excepción de la Segunda B y de la segunda fase de Tercera) en las distintas comunidades autónomas de España. El 12 de mayo de 2003, fue inaugurada la Ciudad del Fútbol de Las Rozas, compuesta por el edificio sede federativo, el edificio técnico deportivo, un hotel-residencia, un pabellón polideportivo y cuatro campos de fútbol.